Aunque no se puede concretar una fecha exacta del origen del Monasterio de Urdax, se cree que una pequeña congregación de canónigos regulares de San Agustín estableció aquí un hospital para peregrinos en el siglo XI. 

El monasterio sufrió dos importantes incendios: en 1526, cuando Navarra pierde su independencia y en 1793, durante la Convención en Francia.

Poco después, en 1839, se produce la desamortización de Mendizábal. La orden premostratense abandona definitivamente la abadía y su templo se convierten en iglesia parroquial.

En su interior se expone una colección permanente de pintura y escultura contemporánea. Sobre el claustro, se ubica el museo del monasterio donde a través de audiovisuales y paneles expositivos se muestra las historia de Urdax